Передача музеев-памятников, визитных карточек Санкт-Петербурга в ведение РПЦ приведет к ограничению посещения их обычными туристами.
Существуют небезосновательные опасения, что усилий РПЦ будет недостаточно для проведения масштабных реставраций уникальных объектов культурного наследия, просто поддержания их в надлежащем состоянии. После передачи РПЦ за содержание и реставрационные работы придется платить из бюджета. Сейчас музей полностью на самоокупаемости.
Будет полностью ликвидирована образовательная и просветительская составляющая (РПЦ не станет проводить экскурсии, организовывать разнообразные выставки и концерты классической музыки). Исаакиевский собор также является объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Ежегодно Исаакий посещают более трех миллионов туристов из разных стран.
Музей является третьим по посещаемости в Санкт-Петербурге.
Статус музея-памятника не мешает проведению в Исаакиевском соборе богослужений.